A későbbi Nagyságos Fejedelem, II. Rákóczi Ferenc, Zrínyi Ilona és I. Rákóczy Ferenc gyermekeként 1676. március 27.-én Borsiban látta meg a napvilágot (a családból egyedül ő írta a későbbiekben Rákóczinak a nevét). Édesapja a Wesselényi-összeesküvésben való részvétele miatt csak hajszállal menekült meg a vérpadtól. Mivel harmincegy évesen, 1676. július 8-án meghalt, úgy kívánta három hónapos fia,  a kis Ferenc jövőjét biztosítani, hogy Lipót császárt jelölte meg végrendeletében gyámjának. Mondhatnók: kecskére bízta a káposztát.  Végül hosszas közbenjárásra sikerült a családtagoknak elintézniük, hogy a főgyám mellett az anya, Zrínyi Ilona is gyámja lehetett. Így maradhatott édesanyja mellett, ami a későbbiek folyamán döntően befolyásolta életét. Ebben az időben semmi sem utalt arra, hogy a kis Ferenc valaha is közelebbi kapcsolatba kerül Csehországgal. Sőt, a véletlen művének tekinthető, hogy ez megtörtént. Ugyanis mostohaapja hajszál híján elintézte, hogy a török szultán udvarában nevelkedjen fel. Ehhez néhány évet vissza kell mennünk az időben.

A szépséges özvegy, a hatéves Ferenc édesanyja beleszeretett a magyar szabadságharc ifjú hadvezérébe, a nála tizennégy évvel fiatalabb Thököly Imrébe, 1682 nyarán feleségül is ment hozzá. Ebben az időben Felső-Magyarország nagy részét Thököly tartja ellenőrzése alatt, a délebbi vidékek meg a török kezén vannak. A császár semmit sem tehet e frigy ellen, mivel keze nem ér el a Rákóczy birtokokig.

Thököly a Habsburgok ellen vívott szabadságharcához az Oszmán Birodalom segítségét is igénybe vette.  Mivel támogatói és hadvezérei sok esetben ingadoztak a pogány török és a Habsburgok között, megingott a Porta bizalma a magyar hadvezér iránt. Ekkor Thököly túszként ajánlotta fel a kis Ferencet a török szultánnak, megígérte, hogy a Magas Portához küldi hadapródnak, hogy ezzel is biztosítsa hűségét iránta. Zrínyi Ilona ezúttal is méltó volt hírnevéhez: megakadályozta a politikai alkut, Ferenc mellette maradt. Olyannyira, hogy a Munkácsi vár védésekor édesanyja példájából merített ihletet későbbi küzdelmeihez.

Ugyanis a szultán időközben végzetes hibát követ el: 1683 tavaszán ostrom alá veszi Bécset. Az ellentámadás gyors és határozott, olyannyira, hogy három év múltán Budát és Magyarország jelentős részét is visszafoglalják az oszmánoktól. Így Lipót birtokába kerülnek a Rákóczy javak is, a Zrínyi Ilona által tartott Munkácsi vár kivételével.  Még ugyanebben az évben megérkezik a két olasz tábornok, Caraffa és Caprara által vezetett hadsereg Munkács falaihoz. Felszólítják a várvédőt, hogy ne kövesse férje példáját az öngyilkos háborúban, adja meg magát. Zrínyi Miklós, a szigetvári hős ükunokája a családi hagyományokhoz méltóan válaszolt: felvonatta a vár tornyára a vörös lobogót, jeléül annak, hogy utolsó csepp véréig harcolni fog. Zrínyi Ilona a csaknem háromévnyi küzdelemben saját tetteivel mutat példát gyermekének. Maga a kis Ferenc sorban járja a bástyákat, lelkesítő beszédeket intéz a katonákhoz. A készletek fogytával, Thököly egyre reménytelenebb helyzetbe kerülésével a harctéren, Zrínyi Ilona kénytelen a várat csaknem háromévnyi ostrom után feladni. De csak férfiasan kemény feltételek mellett adja meg magát: az árvák kapják vissza javaikat ? érdemes megemlíteni, hogy a Rákóczyak és a Zrínyiek birtokában országnyi területek voltak ?, szabad emberként bánnak vele, gyermekeitől nem szakítják el. A közvetítő maga Antonio Caraffa, az eperjesi hóhérként elhíresült tábornok volt. A Habsburgok ezúttal is hűek maradtak önmagukhoz: ahogyan édesapját, Zrínyi Pétert és nagybátyját, Frangepán Ferencet tőrbe csalták, majd  Magyarország jogalanyiságát sárba tiporva halálra ítélték és kivégezték, ugyanolyan hitszegő módon bántak vele is: alighogy megérkeztek Bécsbe, elszakították őket egymástól. Soha többé nem látta gyermekeit. A császár ráadásul a hírhedt Kollonics bíborost bízta meg a tizenkét éves Ferenc gyámságával. A terv szerint Juliannából apácát, Ferencből szerzetest akartak nevelni, annál is inkább, mivel így az egyházra szállt volna a hatalmas Rákóczy- és Zrínyi-vagyon. Ekkor váratlan fordulat történt: Caraffából előtört olasz vére, megfenyegette a császárt, hogy egész Európában elterjeszti, milyen hitszegők a Habsburgok, hiszen ő egy úrnőnek adta tiszti becsületszavát, hogy szabad elvonulást biztosít a várvédők számára. Így aztán a két gyermek ugyan szigorú vallási felügyelet alá került, de teljesen nem szakították el őket a világtól. Juliannát a bécsi Orsolya-apácák gondozták, míg Ferencet Csehországba szállították. Ehhez tudni érdemes, hogy a Fehérhegyi csatavesztés ? 1620 ? után az ellenreformáció egyik fő központja Csehország lett, tehát itt biztosítva látszott a lázadó magyar család sarjának átnevelése. A tizenkét éves gyermeket 1688 áprilisában szállították az egyik legrégebbi csehországi jezsuita kolostorba, a sörgyártásáról elhíresült Budweis (České Budějovice) melletti Jinřichuv Hradecbe. Hogy milyen viszonyok közé került, arról a kollégium kéziratos könyve tanúskodik: ?Hogy Társaságunk felügyelete alá kerüljön, a fenséges Lipót császár akaratából a szemináriumban rendeltek neki szállást, szolgaszemélyzetéből minden honjabeli férfiút eltávolítottak mellőle, hogy ? a Császár szavai szerint ? a császár hű alattvalói között annál biztosabban megtanulja az isteni és emberi fenséget?.

Rákóczi a szemináriumban a legjobb tanulók közé tartozott, amiről az 1690-ben letett záróvizsgája is tanúskodik. A későbbiek folyamán ez az épület a helyi történelmi múzeumnak adott otthont. 1966-ban Rákóczi tiszteletére a falai között neki szentelt emlékszobát rendeztek be, amely a későbbi fejedelem diákéveit mutatta be. Sajnálatos módon a közelmúltban ez a tárlat megszűnt.

Tanulmányait 1690 őszétől a száztornyú városban, Prágában folytatja. A jezsuiták itt is gondosan ügyeltek arra, hogy honfitársaitól, sőt a többi szemináriumi tagtól is elkülönítsék. Emiatt első lakhelyévé a Károly-téri, Szent Ignác-templom melletti, Újvárosi rendházat jelölték ki. A rendház középső traktusa a II. világháborúban elpusztult, viszont ennek építészeti megoldásairól így is pontos képet nyerhetünk az oldalszárny alapján, amely napjainkig a barokk építészet egyik ékköve, papszállásként szolgál.

A Kisoldal-téren (Malostránské náměstí) található az európai barokk egyik legcsodálatosabb alkotása, a Szent Miklós-templom. Ennek északi oldalához építették 1691-ben a jezsuiták fogadalmas házukat. Ebbe az épületbe költöztették át Rákóczit ? amelyet ma kétnyelvű emléktábla jelöl, emlékeztetve a későbbi Nagyságos Fejedelem prágai tartózkodására -, aminek gyakorlati haszna is volt: a Károly-hídon átsétálva percek alatt eljuthatott tanulmányai székhelyére, a Klementinumba, az egykori jezsuita központba, amely ma a cseh nemzeti és egyetemi könyvtárnak ad otthont.

Az idegen környezetet az ifjú nehezen fogadta el, diáktársaival nem nagyon barátkozott, inkább tanáraihoz vonzódott. Tanulmányai közül elsősorban a természettudományokra, a matematikára és a csillagászatra emlékezett a későbbiekben vissza.  Két év múlva fordult jobbra a sorsa, mivel Julianna nővére, azt követően, hogy férjhez ment, elintézte új családja, az Aspermontok révén császári pátens kiadását, amellyel a tizenhat éves Ferencet nagykorúsították.  Ezzel megszűnt Kolonics bíboros felette gyakorolt gyámsága, ami azt is jelentette számára, hogy nem kellett visszatérnie a száztornyú városba. Így Rákóczi kapcsolata Csehországgal megszűnt.

A későbbi események már a magyar történelem legfényesebb lapjaira kerültek: 1703-ban II. Rákóczi Ferenc elindítja a magyarság leghosszabban tartó szabadságharcát az idegen elnyomás ellen, amelynek végjátéka az 1711-es szatmári béke. Ezt követően Nyugat-Európai emigrációba vonul, majd 1717-ben Törökországi emigrációba kerül. Bár nem Isztambulba, ahova mostohaapja egy emberöltővel korábban küldte volna, hanem Rodostóba, ahol hátralévő éveit tölti. Itt is halt meg 1735. április 8.-án. De a magyarság nagy szerencséjére nem maradt itt örökre. Halála után ? igaz másfélszázados késéssel ? haza térhetett és ismét közel kerülhetett édesanyjához: a magyar országgyűlés határozata alapján 1906-ban hamvaikat hazahozatták és az Árpád-házi Szent Erzsébet tiszteletére felszentelt kassai dómban helyezték örök nyugalomra.