Százöt éve temették el Thököly Imrét szülővárosában
Időnként fel-feltűnnek az olyan értékelések, amelyek szerint Thököly Imre személyes példájával és nevelési módszereivel hozzájárult mostohafiának II. Rákóczi Ferencnek szellemi gyarapodásához, későbbi szabadságharcának kirobbantásához. Az előbbi megállapításnak van valóságalapja, egy azonban biztos: nemhogy nem nevelte felesége, Zrínyi Ilona gyermekét, de jószerével alig ismerte, Csupán néhányszor találkoztak, közelebbi kapcsolatba is csak egy alkalommal kerültek egymással. Nem mintha Thököly nem szerette volna. Csakhogy a kor zaklatott körülményei ezt nem tették lehetővé. 
Magyarországon háború dúlt. A szabadságküzdelem főszereplője, első számú hadvezére épp Thököly Imre volt. Mivel sikeres hadjáratban elfoglalta szinte az egész Felvidéket, a híres bányavárosokkal együtt, olyan hatalomra és gazdagságra tett szert, hogy saját pénzt is veretett. Zrínyi Ilonával kötött Habsburg ellenes szövetsége egyben egy sírig tartó szerelem kezdetét is jelentette számára. A daliásnak nevezett hadvezér halálosan beleszeretett a tizennégy évvel idősebb, fennkölt, férfias bátorságú nőként emlegetett szépasszonyba. Hogy mennyire igaz nejének jellemzése, arra a legjobb bizonyíték feleségének egyik levele: ?Ha asszony-ember vagyok is, Munkácson meg mertem őket várni.? Mármint a két hírhedt olasz származású hadvezért, Caraffa és Caprara tábornokot, hatalmas ostromló seregük élén. A közöttük levő gyengéd viszonyról ugyancsak Zrínyi Ilona egyik levele tanúskodik: ?akár gyalog is felkerekednék utánad, hogy egymást vígasztaljuk és együtt legyünk, mint Isten akarja, együtt viseljük a keresztet?. Erre épp a két zsoldosvezér miatt nem kerülhetett sor. Pontosabban: csak jó néhány év múltán valósulhatott meg az asszony vágya.
A szerelmesek 1682. június 15.-én fogadtak örök hűséget egymásnak. Két hét sem telt el, Thököly ismét hadba vonul, hogy elfoglalja Kassát, Eperjest és hatalmát egészen a Vág vonaláig terjessze. A következő évben a török seregek egészen Bécsig hatolnak, ostrom alá is veszik a császárvárost. Szövetségesük, Thököly Imre ugyancsak hadba vonul, ahova magával viszi a hétéves Ferencet is. Úgy gondolta, hogy személyes példája jó hatással lesz a gyermekre, aki édesapját nem is ismerte, hiszen három hónapos volt, amikor I. Rákóczy Ferenc meghalt. Csakhogy a kaland hajszál híján balul sült el: az oszmán hadak csúfos vereséget szenvedtek, visszavonulás közben találkoztak a Pozsony melletti Cseklésznél állomásozó Thököly seregével. A nagy kavarodásban, a visszavonulók és üldözők közötti csetepatéban a későbbi ?nagyságos fejedelem? hajszál híján a fűbe harapott.
Mivel Thököly támogatói is sok esetben ingadoztak a pogány török és a Habsburgok között, megingott a Porta bizalma a magyar hadvezér iránt. Ekkor Thököly elkövette azt, amit egy édes mostoha aligha tenne: túszként ajánlotta fel a kis Ferencet a török szultánnak, hogy ezzel is biztosítsa hűségét iránta. Zrínyi Ilona ezúttal is méltó volt hírnevéhez: megakadályozta a politikai alkut, Ferenc mellette maradt. Olyannyira, hogy a Munkácsi vár védésekor mostohaapja helyett édesanyja példájából merített ihletet későbbi küzdelmeihez.
De Thökölynek a töröknél is rosszul állt a szénája. Olyannyira, hogy a szultán rövid időre még börtönbe is vetette. Ennek hatására a szabadságharc több vezetője átállt a Habsburgokhoz, Buda 1686-os ostrománál már a törökök ellen harcolt. Bár végül is sikerült tisztáznia magát, hogy csak a felesége miatt alkudozott a császáriakkal, még egy kisebb hadsereg vezetését is rábízták, már a továbbiakban nem tudta érdemben befolyásolni az eseményeket. Nevelt fiával pedig teljesen elvesztette a kapcsolatot. Annál is inkább, mivel Ferenc ekkor már édesanyjával a Munkácsi várban tartózkodott, ahonnan csaknem három évnyi hősies ellenállás után Bécsbe, majd Prágába került. Ezzel kettejük kapcsolata végleg megszűnt. Thököly erejéből a későbbiek folyamán csak annyira futotta, hogy elfogta Heister tábornokot, akiért visszakapta imádott feleségét.
Bár még megválasztották Erdélyi fejedelemnek, a törökök egyre csökkenő hatalma miatt ezt a címét hamarosan elvesztette, majd a sorozatos vereségek után a szultán belső száműzetésre ítélte, egy ideig a kisázsiai Izmitbe deportálták. Konstantinápoly Galata negyedében élt a későbbiekben feleségével, Zrínyi Ilonával. Megérte ugyan a Rákóczi szabadságharcot, de semmilyen befolyást nem tudott rá gyakorolni. 1705. szeptember 13-án hunyt el, a nikodémiai nagy örmény temetőben helyezték örök nyugalomra. De nem ez lett végső nyughelye: hamvait 1906-ban, országgyűlési határozat alapján, államköltségen hazahozatták és szülővárosában, a késmárki evangélikus templomban helyezték immár másodszor és remélhetőleg végleg örök nyugalomra. Halálának háromszázadik évfordulóján Izmitben utcát neveztek el a tiszteletére, három évvel később megnyitották emlékházát a városban, 2009-ben a Márvány tenger partján, ahol utolsó éveit Zrínyi Ilonával töltötte, ugyancsak utcát neveztek el róla.